jueves 9 de febrero de 2012

Cuando lo raro importa. Microbioma del ártico.




ResearchBlogging.org Como ocurre muchas veces con las cosas invisibles, los microorganismos marinos son fundamentales para el funcionamiento del ecosistema oceánico, son no sólo parte fundamental de la base en la cadena alimentaria, son además indispensables en los ciclos de degradación y transformación sin olvidar su implicación en cientos de mecanismos que mantienen la omeostasis en el océano. Y sin embargo apenas se sabe nada de ellos.

La tendencia era a imaginarlos como un grupo cosmopolita, y a primera vista es un pensamiento lógico. Los microorganismos se repartirían de forma homogénea por todo el océano ayudados por las corrientes y la difusión y el azar. Al estar todos repartidos de forma homogénea, no habría peligro para los microorganismos más raros, que además de ser una minoría anecdótica estarían a salvo de la extinción gracias a lo extenso del océano y lo diluido de su distribución.

Esta tesis se ha mantenido durante muchos años, sin embargo durante el análisis metagenómico de distintas masas de agua en el ártico surgió la sorpresa.

Los científicos realizaron análisis de microorganismos en distintas zonas, dividiendo las tomas entre aguas superficiales y aguas profundas. Vieron que los microorganismos recogidos podían dividirse en dos grandes grupos, los "raros" y los "abundantes".

Aunque podríamos pensar que lo raro no siempre debería serlo...así fue. Y durante los distintos muestreos se vio que ni el cambio de temperatura durante las distintas estaciones, ni la diferencia de lugar convertía a los microorganismos raros en abundantes*. Prácticamente quedó demostrado que la dominancia numérica de individuos de los grupos abundantes era generalizada.

Los organismos raros componían el 4% de las secuencias encontradas, por lo que en un principio podríamos hablar de lo prescindibles, o del poco peso que tendrían en el ecosistema...sin embargo este 4% venía a representar el 99% de la biodiversidad bacteriana en las aguas.

En gris podemos ver el número de filotipos "raros" y su equivalencia en secuencias, el circulo pequeño contiene los filotipos abundantes (106) de los cuales 25 son siempre abundantes, y 81 son en ocasiones raros.


Entre estos filotipos raros encontramos miembros de una importancia vital para los ecosistemas, como los fijadores de nitrógeno en mar abierto. Microorganismos que soportan la producción de derivados nitrogenados que luego pasaran al resto de la red trófica. Pero lo más preocupante es que desconocemos la función de la inmensa mayoría de los llamados microorganismos "raros".
Aunque no se conozca su función, se podría asumir que forman una comunidad totalmente regulada, ya que sus proporciones no varían especialmente entre las épocas del año lo que podría indicar una fuerte autorregulación.

Ahora sabemos que los microorganismos raros no son tan "despreciables" gracias a su diversidad y a alguna de sus funciones...pero, ¿qué ocurre con su reparto?

En este aspecto podemos pensar como seres macroscópicos, en ese caso el mar es un lugar libre de barreras, y las bacterias podrían difundir sin problemas entre las distintas zonas, sin embargo los distintos muestreos dieron otros resultados.

Como ya decía, se tomaron muestras de superficiales y profundas de varias localizaciones en distintas épocas del año, y lo que se encontró fue que las comunidades variaban mucho más en función de la masa de agua que ocupaban que con respecto a la distancia. Siendo así más parecidas comunidades que habitaban las mismas masas de aguas aunque estuviesen separadas por miles de kilómetros que otras separadas por apenas unos cientos de kilómetros y que ocupaban distintas masas de agua.

A escala microscópica las masas de agua actúan como barreras naturales, e igual que una enorme cordillera montañosa puede diferenciar la flora y la fauna de un continente. Las diferencias en la salinidad, la densidad y la temperatura que generalmente separan las masas de agua, imposibilita que los microorganismos viajen libremente, generando lo que se conoce como provincias o áreas biogeográficas. Y es que seguramente para una bacteria el agua no sea ese fluido fácil de cruzar que es para un organismo macroscópico.
(Siempre he pensado que el agua debe ser para los microorganismos algo así como la arena para los macroscópicos).

Al encontrarse estos microorganismos "aislados" en estas áreas, también están sujetos a todos los procesos ecológicos que las afectan. Estas bacterias raras forman parte fundamental del ecosistema, en algunos casos como en el de algunas bacteroidetas y Gammaproteobacteria incluso llegan a ser parte fundamental en la producción de biomasa en las aguas superficiales.

Por ello, tenemos que pararnos a pensar un poco, no sólo en osos polares y otros grandes craneatas. El mundo microscópico de la zona también es único, no tiene copias repartidas por todo el océano, y es fundamental. Lo raro es en ocasiones importante, y en este caso además fundamental. Perder el 99% de la biodiversidad, por muy invisible que sea, nunca debería ser tomado a la ligera.



*Sin embargo los organismos abundantes podían ser raros...sobretodo si ocupaban aguas superficiales, podían llegar a ser raros en las mismas aguas profundas, sujetos a procesos alopátricos.


Galand PE, Casamayor EO, Kirchman DL, & Lovejoy C (2009). Ecology of the rare microbial biosphere of the Arctic Ocean. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 106 (52), 22427-32 PMID: 20018741



“Esta entrada participa en la X edición del Carnaval de Biología, organizado por el blog Scientia.

martes 24 de enero de 2012

Misterios en agar King B



Formaciones extrañas aumentadas (aproximadamente entre 10x y 25x)


Hoy mientras revisaba unas placas con medio King B, encontré unas extrañas formaciones localizadas en el interior del propio agar. Al principio pensé que podían ser larvas, pero mirando mejor me dí cuenta que no se movían y que adoptaban una formación "cristalina"

No tengo ni idea de a qué puede deberse...así que os dejo un vídeo a ver si alguien se ha encontrado antes ante el mismo fenómeno y lo ha resuelto.

Aconsejo verlo en 720p o 1080p para apreciar mejor los detalles.

PD: Añadir que el resto de placas del mismo medio, no estaban contaminadas ni mostraban esas formaciones.

lunes 9 de enero de 2012

¡ Un poco de todo !


Hace bastante tiempo que no escribo ni en este ni en ninguno de mis blogs. La verdad es que llevo unos meses alejado del mundo 2.0 por razones de lo más variadas... Pero con un poco de suerte y voluntad, ese tiempo se habrá acabado y en unos días estaré publicando de nuevo.


Mientras tanto os voy a dejar una serie de noticias y sucesos que me parecen importantes.

Como muchos ya sabréis el actual sistema político de nuestro país está ahogando poco a poco a todos los científicos, obligándonos a algunos a trabajar gratis, y a otros dejándolos en la calle.



Por ello, me uno a la iniciativa de Resistencia Nvmantina para promover que en la declaración de la renta se incluya una casilla en la cual podamos destinar recursos a I+D.



Por otro lado en el ámbito de divulgación científica os voy a presentar dos publicaciones científicas que luchan por tener hueco en la red.


La primera se llama Boletín Drosophilas, a cargo de un grupo de estudiantes de la US de Biología se encarga de traer periódicamente noticias científicas de lo más variadas. Podéis encontrar una colaboración mía llamada ”Salmonella necesita tu ayuda para infectarte" en el número 7.


Otra de las sorpresas del año ha sido sin duda la plataforma Feelsynapsis, la cual además de haber lanzado al "mercado" una revista online sigue creciendo imparable. Pido desde aquí una y mil veces perdón al "jefe" por no haber colaborado aún con la publicación, algo que personalmente me viene fastidiando bastante, ya que me hacía muchísima ilusión hacerlo. Eso si, espero subsanar mi error lo antes posible, ya ando preparando...a ver si consigo terminarlo

De esta publicación existen actualmente dos números que podéis encontrar aquí. ¡ Os animo a leerlos !




Por último os hablaré de un evento que se celebrará en Murcia Los blogs como medio emergente de divulgación de la ciencia” Murcia, 13 y 14 de Enero de 2012. Allí se reunirán muchos de los grandes de la divulgación bajo el mando del gran @ScientiaJMLN. Por experiencia propia, os puedo asegurar que este tipo de jornadas son de lo más increíbles y enriquecedoras, no sólo por lo que aprendes, sino por toda la gente que se conoce, así que si tenéis la oportunidad de acudir ni os lo penséis.


Por mi parte, espero recuperar finalmente el tiempo y las ganas para poder seguir haciendo una de las cosas que más me gusta... ¡ divulgar ! hasta entonces...

"let's do science ! "



domingo 16 de octubre de 2011

¡ No puedo creer que no sea.. sangre !




Y es que nuestra mente tiende a establecer relaciones bastante simples, esto nos ayuda a sobrevivir día tras día, y otras veces nos lleva al autoengaño. Autoengaño que luego termina siendo un día de fiesta.

¿Cuál es la relación lógica de la que hablo? Pues una muy simple, si cortas o pinchas algo... y suelta un liquidillo rojo, ¡ tiene que ser sangre ! ¿Qué iba a ser si no?

Corría el año 1263 y el papa Urbano IV junto a sus más cercanos andaba veraneando en una zona costera al norte de Roma. Se decidió celebrar una eucaristía que casualmente le tocó organizar a un sacerdote que pasaba en aquellos momentos por una profunda crisis de fe.

Nuestro sacerdote preparaba poco convencido la consagración del pan y el vino, cuando a la hora de partir el pan, este comenzó a...¡ gotear sangre manchándole su hábito !

Por supuesto el Papa Urbano IV declaro aquel día como festivo, y lo llamo el día del Corpus Christi, más tarde Rafael inmortalizó tal milagro en el fresco: “El milagro de Bolsena

El fresco representa la típica misa cristiana: señoras y niños a un lado, señores armados al otro. Un poco más arriba monjes, y monaguillos. Al centro nuestro héroe y el Papa...y coronado la escena dos señores que hacen de espectadores agazapados | Fuente.


Pero por supuesto no era la primera aparición de esta "sangre" que sale del pan.

Ya ayudó a Alejandro Magno con la difícil conquista de la ciudad de Tiro, la cual resistía a meses de asedio, agotando al conquistador, hasta que ocurrió lo siguiente.

"…unos soldados, en el momento de cortar unas rebanadas de pan, vieron brotar unas gotas de sangre; el rey se asustó y Aristandro, el más entendido de los adivinos, declaró que si la sangre hubiera circulado desde fuera hacia adentro hubiera sido un mal presagio, pero puesto que fluía de dentro hacia fuera, era un buen augurio: anunciaba la victoria sobre la ciudad sitiada".

Quinto Curcio RufoHistoria de Alejandro”:


Durante la historia ocurrieron bastantes más anécdotas protagonizadas por nuestro misterioso pigmento sangriento. Y así fue hasta 1819 cuando Vincenzo Sette y poco después Bartolomeo Bizio miraron al fenómeno de forma científica, entonces decidieron que el color era causado por un hongo al que llamaron: Serratia marcescens (Serratia: de Serafino Serrati un físico que creó una máquina de vapor en 1787 y marcescens del latín “macerado, marchitado”)

Es habitual, supongo, confundir hongos con bacterias, sobretodo cuando se producen pigmentos tan llamativos, pero...¿qué es este pigmento?

Este pigmento se conoce como Prodigiosina, y no empezó a llamar mi atención hasta que por casualidad, (o quizás causalidad) apareció en una de mis placas durante una práctica.


Mi preciosa placa llena de S. marcescens produciendo prodigiosina en los límites de las colonias. Si si..es un aislamiento terrible, ¡ pero no me lo tengáis en cuenta !

La prodigiosina es un producto del metabolismo secundario de muchas bacterias, depende de quorum sensing, y actúa cuando los nutrientes del medio (especialmente el fósforo) escasean.


Prodigiosina | Wikipedia.



Para entendernos, la prodigiosa prodigiosina, es el arma definitiva de Serratia. El pigmento no sólo es antibacteriano, lo que elimina a posibles bacterias competidoras a la hora de usar el alimento y el espacio en el suelo, el pan, la placa de cultivo o una semilla de maíz. Además también es: antihongos, antiprotozoos, (entre ellos el protozoo de la malaria). Es incluso un inmunodepresor con propiedades anticancerígenas.

Lo que en resumen podríamos llamar "antibiótico de espectro total"...

Está claro que la dura vida en el suelo, el pan de las iglesias y nuestros intestinos ha obligado a esta genial bacteria a desarrollar un arma no menos impresionante. Un arma que no sólo ha permitido la conquista de ciudades, la experimentación con armas biológicas, la demostración del contagio por el habla...sino que nos ha regalado nada más y nada menos que: ¡ un día de fiesta !

Así que, en mi opinión, si eres Sevillano, Granadino, o de cualquier otra zona que aún celebre esta fiesta... qué menos que dar las gracias a esta genial bacteria gram negativa de rojos pigmentos y tan interesante historia por tu día de descanso :D


Para saber más sobre datos históricos: Serratia marcescens la bacteria prodigiosa.


Este Post participa en la VI edición del Carnaval de Biología, que este mes alberga mi héroe el señor Copépodo en su blog Diario de un Copépodo.

domingo 9 de octubre de 2011

Un dilema moral. ¿terraformar el universo?




Desde esta misma mañana que leí esta noticia en Ciencia Kanija, he pensado mucho en el problema de sembrar vida en otros planetas. Podríamos hablar de si es posible o imposible... pero en esta ocasión quisiera discutir sobre si sería "correcto"

La verdad es que nunca pensé que esta idea no lo fuese, pero tras discutir con @Danaskaalonso @Koolasuchus, @nchazarra y @Orillacosmica... empecé a planteármelo. Se habla de "contaminar" y destruir muestras, cuando otros hablamos de sembrar y crear nuevos hábitats.

Me defino como "amoral" ya que no creo en el bien o el mal, pero en esta ocasión definiré bien y mal con respecto al beneficio para la especie humana, así será más fácil la discusión.

Sembrar vida en algunos planetas o satélites que son propicios para ello tendría, en mi opinión, ventajas tanto teóricas como aplicadas.

Estudio de la evolución y la adaptación in vivo/in vitro. Considerando el planeta como una enorme placa de Petri, se pueden simular y experimentar infinidad de interacciones a unas dimensiones antes imposibles.

Terraformación. Los primeros organismos serían colonizadores pioneros, podrían acelerar o iniciar el proceso de terraformación, preparando el lugar para otras especies...y quién sabe si salvándonos la vida, si algún día le pasa algo a la Tierra...

Si queremos seguir creciendo tenemos que empezar a pensar en colonizar otros mundos, y empezar a sembrar vida en los mismos me parece una buena idea pre-colonizadora.

¿Qué opináis vosotros? ¿deberíamos contaminar/sembrar de vida el resto del sistema solar?

viernes 30 de septiembre de 2011

Despedida Biocarnaval de verano (Biofotografía)




Ha sido un gran verano, verano en el cual hemos querido que la biología estuviese presente en la blogosfera de una forma divertida y dinámica. Para ello 4 blogueros nos unimos para dar un pequeño giro a un concepto ya existente de "El Biocarnaval", convirtiéndolo esta vez en un BioCarnaval de verano en el cual la divulgación y la "ciencia dura" hicieran un hueco a la experimentación más desenfadada, invitando a participar desde científicos a... ¡ niños !

¡ Y en mi opinión, la iniciativa ha sido todo un éxito !

Esta opinión se apoya no sólo en mis sensaciones, se basa también en:

Las 46 entradas "clásicas" que reúnen entre @DrLitos y @Tiwanacu en sus respectivos blogs ¡ Jindetrés, sal ! y Marimarus Blog.

Los 50 dibujos que @Eroyuela alberga en feelsynapsis. Dibujos presentados por gente de todas las edades, desde niños a adultos.

Para finalizar no pueden quedar atrás las fotografías que todos habéis mandado para mi apartado, el biofotográfico. Han sido un total de: ¡ 38 aportaciones !, y bastante más del doble hablando en fotos.

¡¡ Lo que en resumen son, más de 130 aportaciones !!


En el apartado Biofotográfico hay que hacer una especial mención a @Eroyuela , que con sus 16 aportaciones se convierte en el auténtico rey de la cámara. Entre todas sus aportaciones tenemos desde el "típico frigorífico de laboratorio" o algún que otro "pilar de la ciencia" ...A toda una colección de plantas que incluyen: Nenúfares, amapolas, dientes de león y el espliego.

Pero no han sido sólo plantas también nos ha enviado fotos de todo tipo de animales: chinchillas, tarántulas, sapos, miriápodos y algún tritón.

Para integrarlo todo, finalizo con las fotos de paisajes enviadas por el mismo Eroyuela: Tenemos varias sobre Noruega ( I, II y III), también una panorámica de Navacerrada o algo un poco más pequeño, la foto de un curioso acuario natural.

@Carola4u participó con dos aportaciones fotográficas centradas en la naturaleza mexicana, la primera sobre hongos y la segunda sobre varios tipos de mariposas de una gran belleza y carga histórica.

@Tiwanacu nos manda también un par de colaboraciones centradas en el mundo floral, la primera sobre el Jardín Botánico de Córdoba y la segunda sobre como percibe una amante de la botánica su encuentro con distintas plantas.

@Danaskaalonso arroja luz sobre la problemática de Escherichia coli y los pepinos :P mostrándonos una imagen que vale como suele decirse...más que mil palabras.

@Bioamara trae tres curiosas fotos sobre la naturaleza, demostrando que un amante de la biología ve cosas interesantes donde otros tan sólo ven una posible molestia, o un futuro café con cola-cao, con sirope; donde la gente apenas vería un animal pastando. Lo que deja claro es que está atenta a todos los detalles no dejando que se le escape ninguna oportunidad para observar la naturaleza

Siguiendo con la temática de las plantas @JERcasamayor nos muestra fotos de Ginkgo biloba, un precioso fósil viviente que nos transporta al pasado.

@ScientiaJMLN envía una carta que todo becario, alumno interno o científico deberían leer, para al final sorprendernos con una sorpresa, que apunta a futura investigadora.

El pasado y el presente conviven en un mismo plano... ¿no os lo creéis? ¡ Pues mirad la participación de @Pakozoic !

@BioYupi nos muestra un curioso árbol borracho y barrigudo, a la vez que agradece la iniciativa de poner placas indicando la especie de las plantas que habitan la ciudad, algo que sin duda ayudaría a reducir la ignorancia científica.

Otra chica que pasea por la ciudad buscando admirando y fotografiando la naturaleza es @Martita_Rojas, quien nos cuenta que si nos paramos y observamos pacientemente...podemos llevarnos más de una sorpresa.

El incansable @DrLitos no sólo es capaz de contarnos una historia increíble sobre evolución y especiación, además él y su equipo recorren el mundo (y probablemente lo conquistan en secreto) haciendo unos reportajes fantásticos donde nos cuentan y muestran todo tipo de cosas. En esta ocasión el lugar del reportaje es tropical, eso si...un lugar tropical sin salir de Europa.

¿Pensáis que en la playa sólo hay moluscos, peces, medusas y algún cangrejo? @Letirroja nos enseña que hay mucho más de lo que podemos ver a simple vista, todo un mundo "invisible" a un baño de distancia.

Vaya tela... si pensamos que el verano es cosa únicamente de humanos, nos dice @Con_suela Hay otros muchos seres que ocupan el verano en tareas "placenteras" un ejemplo de ello lo tenemos aquí mismo.

@Maculamorbida nos muestra la sonrisa de una salamanquesa, y con la excusa nos habla de sus adaptaciones y su historia... y es que "no hace mucho" sus abuelos dominaban la tierra, cosa que hay que pararse a recordar de vez en cuando.

La ciencia, y la naturaleza nos envuelven y fotografiarlas es algo que se le da muy bien a @biogeocarlos, prueba de ello son todas estas fotos que ha ido reuniendo durante su verano.

En estos días en los que el clima es fuente de tanto debate, los árboles tienen mucho que decir, de la ciencia que estudia los anillos arbóreos nos habla @Diplotaxis

Finalmente, el mismo que escribe presenta alguna de las fotos científicas que han patrocinado su verano, y parte de estos últimos años...y es que todo es un ciclo, un ciclo con sus pequeños fallos y curiosidades, pero un ciclo maravilloso que en últimas llamamos vida.


Agradezco, no mucho...sino muchísimo a todos los anfitriones
( @DrLitos @Eroyuela y @Tiwanacu ) su ayuda y paciencia a la hora de montar este tinglado. Pero sobretodo os doy las gracias a todos vosotros: participantes, lectores, "retuitadores", etc... pues sois quienes hacéis posible este proyecto, que cada día crece más.

Os recuerdo que nuestro próximo anfitrión es el afamado botánico y diseñador de acuarios: @Copepodo.





miércoles 21 de septiembre de 2011

Mariposas Mexicanas. (Biofotografia)



Carola4u nos envía una nueva colaboración para Biocarnaval de verano, aquí os la dejo:


Participo en el I Biocarnaval de Verano, en la sección de Biofografías con una pequeña serie de fotos sobre mariposas mexicanas. Tomé las fotografías en el Mariposario del Zoológico de Chapultepec, de la Ciudad de México, el día 4 de Sertiembre de 2011.


Desde tiempos lejanos a nuestros días, en el México que se remonta a los siglos que anteceden a la conquista, los pobladores de diferentes regiones incorporaron a las mariposas a su cultura. Las mariposas fueron adoptadas para expresar distintas ideas, desde las más comunes y sencillas de interpretar a través de su expresión artística hasta las más sublimes maneras de trasladarlas a sus cultos religiosos.


"En las culturas prehispánicas la mariposa (Papalotl en náhuatl) era una de las imágenes más frecuentemente asociadas con la belleza, literalmente tomada como una "flor voladora", una flor en movimiento. En un tenor similar, para el hombre mesoamericano la flor era una alegoría de la verdad, la vida y las artes al igual que de su inevitable transitoriedad y fragilidad."
(Esteban Delgado García).


Las mariposas en el México antiguo fueron suficiente motivo de admiración y de orgullo que ocuparon un lugar privilegiado: el nombre de sus pueblos, de sus ríos y de sus montes.

Papaloapan para un río en el estado de Veracruz (de las raíces Papálotl, mariposa, y apan, río, significando por lo tanto, “río de las mariposas”);

Papalotepec, que es una localidad en el estado de México (de Papálotl, mariposa, tépetl, cerro, y c, en, o sea, “en el cerro de las mariposas”);

Papalotipac es una localidad en el estado de Oaxaca, que según García Cubas (1888) significa “hacia el lugar de las mariposas”.


Buhito pardo (Caligo memnon) La de la derecha.
Familia: Brassolidae
Distribución geográfica: Desde México hasta la cuenca del Amazonas. Sub-especies: América Central.

De la mariposa de la izquierda no encontré datos. =(


Pequeño cartero (Heliconius erato)
Familia: Heliconiidae
Distribución geográfica: Desde México hasta la cuenca del Amazonas. Sub-especies: México hasta Panamá


Tithorea tarricina
Familia: Ithomiidae
Distribución geográfica: Desde México hasta Brasil. Subespecies: Nicaragua hasta Panamá.


Malaquita (Siproeta stelenes).
Familia: Nimphalidae
Distribución geográfica: Sur de Estados Unidos a la Cuenca del Amazonas. Subespecies: América Central.

La información fue tomada de la página: http://www.mariposario.org.mx/index.html y una parte de texto es de mi compañero y amigo Esteban Delgado García (Agroecólogo).

Desde la Ciudad de México: @Carola4u.


Este post participa en el Primer BioCarnaval de Verano, en el apartado de fotografía que alberga este mismo blog. También podéis participar en el resto de propuestas para BioCarnaval de verano alojadas en ¡Jindetrés, sal!yFeelsynapsis